本发明涉及一种水产养殖环境沉积物中孔雀石绿及其代谢物含量检测方法，属于环境质量安全检测技术领域。本发明将沉积物经乙腈超声萃取后的样品液由多壁碳纳米管固相萃取柱净化后，利用液相色谱串联质谱仪进行定性定量分析。本发明方法操作方便，重现性较好，定性准确且回收率较高，能够快速分析水产养殖环境沉积物中的孔雀石绿及其代谢物。