日本囊对虾胸腺肽基因及其日本囊对虾胸腺肽的制备方法与应用，涉及日本囊对虾胸腺肽基因的核苷酸序列以及其所编码的氨基酸序列。日本囊对虾胸腺肽基因包括日本囊对虾胸腺肽mjthm4基因、日本囊对虾胸腺肽mjthm3基因和日本囊对虾胸腺肽mjthm2基因。一个日本囊对虾总RNA的提取的步骤；一个日本囊对虾cDNA反转录的步骤；一个日本囊对虾胸腺肽基因的PCR扩增和序列分析的步骤；一个日本囊对虾胸腺肽的重组表达的步骤。所述日本囊对虾胸腺肽可用于制备抗对虾病毒药物。通过同源重组表达三种胸腺肽，可克服分离纯化过程复杂繁琐、产量低等不足，为该蛋白在生物、食品、医药、农业等研究领域的广泛应用奠定基础。