本发明公开了一种高纯度薯蓣皂素的分离方法，属于药物原料生产技术领域，采用超声波辅助十二烷基硫酸钠萃取技术，利用十二烷基硫酸钠的增溶作用，先将薯蓣皂苷从盾叶薯蓣中萃取出来，再采用絮凝技术将薯蓣皂苷从萃取液中分离出来，得到薯蓣皂苷粗品，薯蓣皂苷粗品经水解、过滤、水洗、干燥、回流提取及冷却结晶，得到薯蓣皂素粗品。然后将薯蓣皂素粗品分批次加入温水中进行精处理，得到精处理后的薯蓣皂素。本发明的精处理操作克服了薯蓣皂素分离纯化困难的缺点，经精处理后的薯蓣皂素的纯度能够达到98.5%以上。