本发明公开一种水产养殖微生物饲料预混剂及其制备方法，包括菌种原料和培养基，所述菌种原料由乳酸菌、枯草芽孢杆菌、酿酒酵母、糖化酶和纤维素酶组成，菌种原料中各物质组份占菌种原料重量百分含量为乳酸菌25～32％、枯草芽孢杆菌28～35％、酿酒酵母8～12％、糖化酶17～20％和纤维素酶8～13％；所述培养基由米糠、豆粕、NaCl和麸皮组成，培养基中各物质组份占培养基的重量百分含量为米糠30～35％、豆粕15～20％、NaCl 0.8～1％和麸皮44～54.2％，由菌种原料和培养基混合后进行固体发酵得到微生物饲料预混剂。该发明提高了动物免疫力，改善了动物体色，并且提高了饲料营养的吸收率，从而缩短了养殖周期。