本发明公开了一种黑果枸杞果实提取物及制备方法和应用，所述黑果枸杞果实提取物，是采用包括如下步骤的方法制备的：（1）将黑果枸杞果实，加入重量浓度为1～2‰酸的水溶液提取，过滤收集提取液；（2）将步骤（1）获得提取液，通过装有大孔树脂的层析柱吸附；（3）先用水洗脱步骤（2）中吸附了黑果枸杞果实提取液的层析柱，再用洗脱液洗脱，收集层析柱流出的洗脱液；（4）将步骤（3）所得的洗脱液减压浓缩，得黑果枸杞果实提取物浸膏；（5）将步骤（4）所得浸膏干燥，获得所述黑果枸杞果实提取物。本发明对改善细胞毒性药物如环磷酰胺和有毒化学品如苯造成的小鼠白细胞降低有显著疗效，可以用于制备治疗人体的白细胞降低的药物。