本发明公开一种模块化光合生物反应器系统、藻类养殖方法及夹具组，该模块化光合生物反应器系统包含至少一反应器、一进气管路、一出料管路、一入料管路以及一排气管路，该反应器由多个夹具组、至少一薄膜筒件及至少一曝气板构成，该藻类养殖方法包含进行一消毒程序、进行一养殖程序及进行一采收程序，消毒程序为将水、空气与次氯酸溶液注入反应器中，以进行消毒灭菌，再将硫代硫酸钠溶液注入反应器中以中和余氯；养殖程序为将培养基及藻液注入反应器中且微藻生长至一稳定期；采收程序为于该生长稳定期结束后，对反应器内的微藻进行采收。本发明的模块化光合生物反应器系统、藻类养殖方法及夹具组，具有低成本、模块化、操作容易的特点。