本发明涉及一种雷帕霉素/磁性羧甲基壳聚糖纳米载药微球的制备方法。将合成的Fe₃O₄纳米颗粒加入液体石蜡油中，与羧甲基壳聚糖溶液混合，加入交联剂，采用磁分离收集纳米微球，经洗涤、干燥得到磁性羧甲基壳聚糖纳米微球；将制得的磁性羧甲基壳聚糖纳米微球配成水分散液，雷帕霉素溶于乙腈，搅拌，将二者混合；采用磁分离，下层沉淀用超纯水洗涤，经冷冻干燥、粉碎得到雷帕霉素/磁性羧甲基壳聚糖纳米载药微球。本发明制备的纳米载药微球具有靶向性强、载药量高、缓释性能好、粒径小、药物毒副作用低等特点，能显著提高雷帕霉素药物对肿瘤细胞的杀伤率；该方法工艺简单，制备条件温和，易于规模化生产。