本发明公开了一种中华鲟抗菌肽及其制备方法和应用，具体是指一种新的中华鲟天然抗菌肽pen-hepcidin和编码该基因的氨基酸序列，以及该蛋白在制备治疗感染性疾病药物和饲料添加剂中的应用。本发明用RT-PCR方法，从中华鲟血液总RNA中克隆获得该抗菌肽基因pen-hepcidin，其DNA序列如序列表中SEQ ID：1序列所示。该基因编码的蛋白(pen-hepcidin)，其氨基酸序列如序列表SEQ ID：3序列所示。经氨基酸序列分析，在目前的蛋白质数据库内没有发现有与该抗菌肽相似的蛋白质多肽，属于一种新型的抗菌肽。本发明的抗菌肽对部分革兰氏阳性菌和阴性菌均具有抑菌活性，且对耐药菌株也有明显的作用，可用于制备治疗感染性疾病的药物或作为抗菌饲料添加剂等应用。