本发明公开了一种兽用肠靶向抗菌微丸，包括主药和辅料，所述主药为盐酸沃尼妙林和盐酸金霉素，盐酸沃尼妙林为微丸质量的1～5%，盐酸金霉素为盐酸沃尼妙林质量的5～16倍，微丸由内到外分别为盐酸沃尼妙林丸芯、肠靶向包衣层、盐酸金霉素药物层和外包衣层。本发明还公开了其制备方法，通过方法与配方的结合，将盐酸沃尼妙林和盐酸金霉素制成微丸，微丸在动物消化系统内呈梯度释放，盐酸金霉素先得到释放，被胃肠吸收，盐酸沃尼妙林在pH≥6.8的肠道内迅速地释放、吸收，既取得良好的肠道杀菌作用，结肠吸收的药物可以避开肝肠首过效应，提高盐酸沃尼妙林的血液浓度和生物利用度，又取得良好的全身性疾病的治疗效果。