本发明公开了一种蚯蚓纤溶修饰酶壳聚糖肠溶微球胶囊的制备方法，包含壳聚糖微球的制备，将蚯蚓纤溶修饰酶固定于壳聚糖微球以及胶囊制备几个步骤。本发明的蚯蚓纤溶修饰酶壳聚糖肠溶微球胶囊的制备方法，通过壳聚糖载药微球的缓释效果，能够很好维持血药浓度水平，减少给药次数，降低毒副作用，且在肠道中溶解吸收，对胃无刺激，大大提高药物疗效等方面具有重要的作用。