本发明公开了一种基于mRNA响应的循环水养殖系统变速流控制方法及系统，实现协同调控循环水养殖系统的生物滤器与微生物响应。通过获取功能微生物氨氧化菌AOB(Ammonia？Oxidizing？Bacteria)的mRNA实时表达量，在AOB的mRNA响应高表达时间段，提高系统流速，在响应低表达时间段，降低系统流速。本发明从工厂化养殖水处理工艺与微生物响应协同调控的角度出发，解决了现有养殖水处理生物滤器处理效率低、运行能耗偏大等问题。